苔藓：有类似根茎叶的分化，具有假根但仅有固着作用而无吸收作用，异形世代交替，配子体发达，孢子体寄生在配子体上，具有弹丝、环带、蒴齿等帮助散发孢子的结构，没有维管组织因而大多植株矮小。
蕨类：真正根茎叶的分化，根具有吸收作用，出现了维管组织而具有初生生长，但初生木质部中通常无导管，出现了各种中柱为植物提供支持因而能直立于陆地生长，配子体发达的异形世代交替但孢子体配子体都能独立生活，古代蕨类大多为木本，现代蕨类基本为草本。
相同点：苔藓植物都没有真正的根。苔藓、蕨类都生活在湿润，阴暗的地方，苔藓和蕨类植物都是多细胞
不同点：苔藓植物的叶子还能吸收水分和无机盐。苔藓植物因为其对有毒气体很敏感，所以可作为空气污染的指示植物；蕨类植物有根茎叶的分化，有输导组织和机械组织。这是苔藓所没有的。而且，蕨类植物是靠孢子来繁殖。
蕨类植物和苔癣植物的区别有：
1.高低不同。蕨类植物的株长的比较高，苔癣植物的株比较低矮。
2.等级不同。蕨类植物等级较高，苔癣植物等级较低。
苔藓植物和蕨类植物的相似之处在于它们不能生产种子，甚至不能依靠孢子繁殖。两者都没有真正的根，都有胚胎，配子体可以独立生存。
两者的区别在于苔藓植物生长在潮湿和黑暗的环境中，而蕨类植物生长在温暖潮湿的土地上。
蕨类植物与苔藓植物繁殖不同，组织不同，大小形态不同等。
蕨类植物门是植物界的一门。根、茎、叶中具真正的维管组织，以孢子繁殖。绝大多数在叶片下表面长有孢子囊，并聚集成各式各样的斑点或线条状的孢子囊群，初时为绿色，老时为锈黄色，有的裸露，有的具各种形状的盖。蕨类植物不开花结果，一般从外形上难以和种子植物相区别。它形体多样，从高不到5毫米的微小草本，到高可达20米的乔木状植物。
苔藓类植物是一种小型的绿色植物，结构简单，仅包含茎和叶两部分，有时只有扁平的叶状体，没有真正的根和维管束。苔藓植物喜欢阴暗潮湿的环境，一般生长在裸露的石壁上，或潮湿的森林和沼泽地。在苔藓植物的生活史中，成熟的配子体阶段常具有叶状的器官。