宏基因组按:科研中数据分析解读占用了我们太多时间,学习R语言是生物测序领域数据(reads count表)分析及可视化的首选。举个例子,扩增子分析从fastq到OTU表至多是de novo或reference两种套路(1-3天)。而对OTU表开始的组间比较、网络分析、机器学习等会有上百种方法和展示方式,每一篇优秀的文章,都是数据反复咀嚼上百次优化出来的结果(3个月-3年),而这一漫长的科研之路有R语言技能的相伴,可将统计分析可视化操作一网打尽,定能助你事半功倍。
2024年09月09日
宏基因组按:科研中数据分析解读占用了我们太多时间,学习R语言是生物测序领域数据(reads count表)分析及可视化的首选。举个例子,扩增子分析从fastq到OTU表至多是de novo或reference两种套路(1-3天)。而对OTU表开始的组间比较、网络分析、机器学习等会有上百种方法和展示方式,每一篇优秀的文章,都是数据反复咀嚼上百次优化出来的结果(3个月-3年),而这一漫长的科研之路有R语言技能的相伴,可将统计分析可视化操作一网打尽,定能助你事半功倍。
2024年09月09日
有时数据需要比向量更复杂的存储方式。幸运的是,R软件提供了很多的数据结构。常见的有数据框(data.frame)、矩阵(matrix)、列表(list)以及数组(array)。数据框类似于电子表格,矩阵类似于人们熟悉的矩阵数学计算,列表对于程序员比较熟悉。
2024年09月09日
R语言的数据对象中,列表可以说是最为复杂的一项,列表可以包含不同类型的元素,包括数字、字符串、向量,甚至是另一个列表,使用list()创建。
object1、object2等可为任何数据类型的对象
name1、name2是为列表中的对象进行命名
代码1:
根据列表对象的命名方式,将列表的创建分为两种,上面代码中在建立列表时直接对对象进行了命名,而未被命名的c和d的名称则会被自动命名为[[3]]、[[4]]
2024年09月09日
R语言中的数据类型(Data Types)
R语言的对象(Objects)主要包括向量、矩阵、数组、数据框和列表。
R语言的对象有五种最基本的类型,即,字符型(character)、数值型(numeric,包括小数)、整型(integer)、复数型(complex)以及逻辑型(logical,TRUE/FALSE)
属性是R语言对象的一部分。主要包括以下几种:名字(names,dimnames),维度(dimensions,包括矩阵等),类别(class,包括数字、整数等),长度(length),以及其他。可通过 attributes()函数查看对象的属性,不是所有对象都有属性,如果没有则返回NULL。
2024年09月09日
R语言中的列表与R语言中的向量、数组和矩阵不同,它的每个分量的数据类型可以是不同的。列表是对象的集合,可以包含向量、矩阵、数组,数据框,甚至是另外一个列表,且在列表中要求每一个成分都要有一个名称。列表中的对象又称为它的分量(components)。
在R语言中可以使用list()函数来创建列表,其语法格式为:
list(name1=object1, name2 = object2,...)
下面是创建一个列表的例子: