微生物群落结构分析是从整体的角度分析各组样品的微生物群落之间是否有显著差异，从而分析实验所关注的因素是否会导致环境微生物群落结构的显著变化。α 多样性、β 多样性以及依据样品间不相似性进行排序分析和聚类分析是微生物群落结构分析的主要方法。

α 多样性是样本内物种多样性（Within-sample diversity），反映每个样本的物种的丰富度和均匀度。α 多样性的高低由 α 多样性指数表征，在 16S rRNA 测序数据分析中常用的有香农 - 威纳多样性指数（Shannon-wiener diversity index），辛普森多样性指数（Simpson diversity index），Chao1 丰富度估计量（Chao1 richness estimator）等。QIIME、Mothur、PAST等软件都可以进行多种 α 多样性指数的计算。

有机果园生物多样性管理可显著提高生态与经济效益

孟杰 刘海涛 李勇 李彩虹 吴光磊 虞晓凡 郭立月 程达 梁啸天 Mahmud A. Muminov 蒋高明

有机农业被认为是农业可持续发展和人类健康维护的一种重要解决方案。由于围绕有机和常规果园生物多样性和生态经济效益差异的详细研究较少，一些争议尚无定论。有机果园管理主要包括利用天敌、有益杂草和土壤生物，有害生物控制等。本文对有机苹果园生物多样性管理进行了为期三年的实验研究：利用牛粪丰富土壤生物群落，应用本地草本植物抑制杂草，应用物理+天敌控制害虫，并与对常规管理模式进行了比较。结果表明，有机果园管理对土壤有机碳、全氮、微生物量碳和氮均有增强作用。16S rDNA序列高通量测序结果表明，表层土壤优势菌群是分解细菌和放线菌，果园有机管理带来丰富的细菌多样性，Shannon指数高于常规模式7%。有机果园根瘤菌相对丰度高于常规果园。蛇莓是一个理想的地被植物，通过生态位竞争优势控制杂草，减少杂草危害；杂草辛普森-香农–维纳和Pielou均匀度指数可分别减少38.2%、53.8%和16.9%；趋光性害虫重量和金龟甲害虫随物理+生物方法控制时间延长，分别下降35%和86%，从源头减少农药危害。有机果园表土层蚯蚓密度是普通果园的20多倍，最高可达369/平方米（0–20cm）。有机果园中蚯蚓优势种为食腐类，这些物种喜欢高有机质的土壤。由于不使用化学合成品，有机果园生产了更安全的苹果，可以有机水果价位销售，从而使有机果园产出投入比提高了103%。该研究清楚地表明，没有化学污染的生物多样性果园管理模式，增加了有益生物的生物多样性，减少了果树病虫害，提高了果园经济效益。